1925年1月，孫中山應段祺瑞之邀抵達北京，因為肝癌發作住進協和醫院。面對這個當時西醫也視為絕症的病，許多人為了是否應該採取中醫治療而產生激辯。協和醫院院長劉瑞恒（後來擔任過國民政府的衛生部長），雖然是孫中山的舊識，立場則堅定不移：要服中藥則請出院。孫中山後來採取放射治療，雖然中間有一個星期出院住鐵獅子胡同改由中醫治療，但旋即歸院，直至3月12日病逝。

第一次廢中醫

孫中山之死，在中國近代史上是大事，他身邊中西醫之爭，也有其歷史上的重大意義。其實，說中西醫之爭，並不妥且，過於抬舉了中醫在當時社會氛圍裡被改稱「舊醫」甚至「偽醫」的地位。西醫派會有這些看法，從湯爾和（北京醫科大學前身的創辦者）一篇文章中表達得很清楚：「中醫要講醫理那是完全站不住的。退十步說，現在業中醫的先生們實無『論病』之可能，不要說是『治病』。」

事實上，中醫受到的打擊，是從民國一成立就開始了。民國元年七月舉行的臨時教育會議中，訂立各種學校令，唯獨沒有中醫內容，引起了相關人士的抗議。北洋政府開始還以漏列的理由來打馬虎眼，稍後則乾脆不加掩飾了。1914年，當時教育總長汪大燮明言：「余決意今後廢去中醫，不用中藥。所請立案一節，難以照准。」這算是近代第一次廢去中醫之議浮上國家政策的檯面。這次事件，在抗議人士不斷的請願下，北洋政府回應兩點：「非有廢棄中醫之意」，但是，「所請另頒中醫醫藥專門學校規程之處，應毋庸議」，事情算是不湯不水地不了了之。

第二次廢中醫

1928年，國民政府北伐成功，1929年衛生部通過了以「廢止舊醫以掃除醫事醫生之障礙案」為首之「規定舊醫登記案原則」。其重要內容有：

一， 「舊醫」需要登記，有執照才能營業。但有執照者，也要再接受補充教育。而登記限於1930年底止。補充教育也只限辦五年，過後不辦。

二， 禁止「舊醫」學校。

三， 禁止報章媒體介紹、宣傳「舊醫」。

主要提案者余雲岫以四大理由說明中醫之阻礙科學化，阻礙國家之進步，因此希望能以五十年時間逐漸消滅中醫。這是近代第二次廢去中醫之議浮上國家政策的檯面，也是後來所謂國民政府廢中醫之說的由來。

其實，中醫在近代會受到這麼多打擊，只是歷史進程中的一個環節而已。從辛亥革命之後到五四，留學國外的一代紛紛歸國，從各個層面企圖為了創建一個新的社會而努力。政治、教育、文化等等各個方面都產生新舊衝突。在各種「舊文化」、「新文化」；「文言文」、「白話文」；「方塊字」、「羅馬字」等等的衝突中，代表傳統與舊派的中醫會受到格外嚴重的輕視與打擊，不僅難免，而且有一些「歷史正確」或「政治正確」的原因。

其一，這是鴉片戰爭之後，中國想要救亡圖存，大量引進西學，「西風壓倒東風」的大趨勢之下的結果。

其二，這也是甲午戰爭之後，中國想要從日本取經，以日本為師的一個大趨勢之下的例子。正如同日本在明治維新後提出「漢字無用論」、「羅馬字運動」後來傳入中國，形成中國的「消滅方塊字」、「羅馬字運動」、「拉丁字運動」等等，日本在明治維新時提出的消滅漢醫的路子，會透過留日派影響中國，也就十分合理。（前述汪大燮曾任留日學生監督，並曾出使日本；余雲岫公費留日。）

其三，在醫學的領域裡，相對於西醫當時在細菌學說與科學支持的研究與臨床的進展，中醫格外突顯了舊文化裡「穿鑿附會，自欺欺�